La Universidad de Puerto Rico recibe su primera donación de obras de arte en 1914, cuando aún no se visualizaba la existencia de un museo. Don Federico Degetau, primer comisionado residente en Washington, cuya meta era establecer una pinacoteca en la Isla, dona un conjunto de pinturas que adquirió durante sus viajes por Europa. Cuando la colección fue entregada a la Institución, estuvo expuesta en el edificio donde hoy ubica el Senado Académico. Sin embargo, posteriormente, las obras se exhibieron en paredes de salones de clase y oficinas de la Universidad durante muchos años.
El pintor Francisco Oller, consciente del valor de estas obras, propuso organizar un museo que albergara la colección. Un año más tarde, su pintura El velorio (1893), que había estado expuesta en a Biblioteca Insular en el Viejo San Juan, es trasladada a la Universidad de Puerto Rico para su custodia.
La idea de crear un museo para albergar las obras donadas a la Universidad se propuso en el plano de desarrollo de esta Institución presentado por la firma de arquitectos Bennet, Parsons y Frost. En torno al patio central se proponía una biblioteca, un museo y un paraninfo. Sin embargo, el museo nunca se hizo, postergado por otras prioridades.
En el 1926 don Rafael W. Ramírez de Arellano se integra como docente en la Universidad, y comienza a coleccionar objetos históricos y arqueológicos, mapas, pinturas, grabados y periódicos para utilizarlos como complemento ilustrativo en sus cursos de Historia de Puerto Rico. El profesor Ramírez le interesaba despertar en los estudiantes “un amor legítimo por las cosas del pasado”. El ‘pequeño museo’, como le llamó Ramírez, estaba ubicado en el aula 9 del Edificio Felipe Janer. A medida que las colecciones aumentaron, surge la idea de fundar un museo en propiedad. El profesor Ramírez consideraba que:
“la Universidad, como cumbre del sistema educativo de Puerto Rico, como Institución oficial del Estado, y como centro docente que tiene en su seno personas con la preparación académica necesaria para la difusión del saber humano, era el sitio ideal y lógico para el establecimiento de un museo.”
Paralelamente con el museo del profesor Ramírez, y a partir de 1929, comenzaron a organizarse exposiciones en la Universidad, gestionadas y organizadas por el profesor y artista Walt Dehner. Todas estas exposiciones sentaron precedente en la Universidad y desarrollaron interés en la necesidad de establecer un museo.
Poco a poco, se recibieron otras donaciones que incrementaron la colección comenzada por el profesor Ramírez. En 1935, la colección ubicada en el Aula 9, se muda al sótano de lo que hoy es el edificio Antonio S. Pedreira. Es en este lugar donde se inaugura el Museo Juan Ponce de León, en 1939. Allí permaneció hasta el año 1943, cuando se traslada al edificio de la Casa del Canciller. Un año después, las colecciones fueron trasladadas al primer piso del Edificio de la Biblioteca de la Universidad.
En 1947 la organización del Museo se modificó. El antropólogo Ricardo Alegría fue nombrado director auxiliar y el Museo quedó dividido en tres secciones: Antropología, a cargo de Alegría; Historia, a cargo del profesor Ramírez; y Arte, a cargo del profesor Osiris Delgado y de Sebastián González García, Decano de la Facultad de Humanidades. En ese año, Alegría organiza el Proyecto de Excavaciones Arqueológicas en la Isla, que produce numerosos hallazgos.
En el 1948 la Junta Universitaria oficializa la creación del Centro de Investigaciones Arqueológicas, y lo adscribe al Museo, con el propósito de llevar a cabo excavaciones arqueológicas para investigar, coleccionar, estudiar y divulgar la cultura indígena de Puerto Rico.
Es también en ese año que se le comisiona el diseño del futuro edificio del Museo al arquitecto Henry Klumb. A partir de ese momento Alegría lanza una campaña publicitaria para motivar a los coleccionistas a donar obras y objetos, con el propósito de enriquecer la colección inicial del Museo. Gracias a esto, se reciben, sobre todo, objetos arqueológicos de las culturas indígenas de la Isla.
En 1949 Alegría inició una nueva campaña de apoyo para obtener los fondos y la legislación necesaria para crear el Museo. Se publicaron numerosos editoriales para lograr el objetivo y se prepara un proyecto de ley para ser presentado por el Representante Rubén Gaztambide, ante la consideración de las Cámaras Legislativas. Paralelamente, el arquitecto Klumb presentaba su Plan Maestro para la Universidad de Puerto Rico. El edificio que albergaría el Museo se ubicó al noroeste del campus, en la Avenida Ponce de León, un área accesible al público no universitario.
Gracias a incansables esfuerzos y gestiones por el doctor Ricardo Alegría Gallardo, el 15 de abril de 1951, la Legislatura aprobó el Proyecto de Ley Núm. 97, destinado a convertir el Museo de la Universidad en museo nacional. La Ley establece que este se crea adscrito a la Universidad de Puerto Rico, con el propósito de “reunir, mantener y conservar con fines de divulgación cultural todo aquello que constituye parte de nuestro tesoro histórico, antropológico y artístico”. De esta manera, el Museo se convierte en la primera institución de este tipo, establecida por ley en Puerto Rico, y sentó las bases para que se construyera un edificio propio para ese propósito, dentro de los predios de la Universidad.
Cuatro años después de la aprobación de la Ley 97, se inauguran las nuevas salas del Museo: Sección de Antropología – Sala de Arqueología Puertorriqueña, Sala de Excavaciones Arqueológicas; Sección de Historia – Exposiciones de Caparra, Armas de la conquista, Colección Hostos, Cartografía Antillana, Armas usadas en Puerto Rico durante los siglos XVIII y XIX, Escenas puertorriqueñas, Ocho puertorriqueños ilustres, Puertorriqueños ilustres, Acontecimientos históricos, Prehistoria europea, Arqueología egipcia; Sección de Arte – Dos siglos de Pintura Puertorriqueña, Sala de Arte Popular, Imaginería popular, Artesanías, Instrumentos de música popular, La fiesta de Santiago Apóstol en Loíza. En abril de 1957, el Museo inauguró dos nuevas salas permanentes de arte: una de pintura y escultura contemporánea, y otra de grabados.
El nuevo edificio del Museo se comienza a construir en 1957. El arquitecto Henry Klumb lo diseñó para ser construido en cinco etapas. Sin embargo, sólo se construyó una cuarta parte del diseño original. La apertura oficial del nuevo edificio se llevó a cabo el 4 de junio de 1959, con una exposición de pinturas de Francisco Oller. A partir de este momento, el Museo ha organizado numerosas exposiciones de pintura, grabado, individuales, colectivas y temáticas, además de exposiciones de contenido histórico y antropológico. En la Sala de Exposiciones se han presentado prominentes artistas internacionales y puertorriqueños. Las exposiciones temáticas han recogido y analizado importantes temas del quehacer cultural puertorriqueño. La mayoría de estas exposiciones contó con una publicación impresa, producto de la investigación del curador, que hoy día es fuente indispensable para la estudio crítico e histórico-artístico. Cada uno de estos es fundamental para tener un panorama amplio de la historia del arte puertorriqueño.
Durante años no se hicieron remodelaciones o construcciones en el Museo. En 1990 se sometió una propuesta a la Ford Foundation para la rehabilitación del área de almacenaje de colecciones de arte: con áreas más espaciosas y adecuadas para el almacenaje sistema de control de temperatura, un espacio para el procesamiento de exposiciones, y las oficinas. La propuesta fue aceptada y la firma de arquitectos Bermúdez y Calzada estuvo a cargo del diseño. En junio de 1993 comenzaron los trabajos de remodelación del área este del Museo. Una aportación adicional de la Universidad hizo posible la construcción de un módulo de dos pisos, que repite la altura de la Sala de Exposiciones para mantener la armonía del edificio, para ubicar las oficinas administrativas. Este fue inaugurado en 1995.
En 1999 cuando iba a comenzar la remodelación de la Sala permanente de Arqueología, la excavación que se llevó a cabo para la construcción de la estación ‘Universidad’ del Tren Urbano, –a tan solo 20 pies de los muros del edificio del Museo– impactó la estructura de tal forma que provocó que las paredes del área oeste se agrietaran. El arquitecto a cargo del proyecto, Manuel Bermúdez, decidió parar las obras hasta que finalizara la construcción del Tren. El costo de lo que sería la reconstrucción, ahora había aumentado considerablemente por los daños causados al edificio, y la administración universitaria ya tenía otras prioridades presupuestarias.
El proceso para la acreditación del MHAA por la American Alliance of Museums (AAM) comenzó en 2004 e incluyó el desarrollo e implementación de un plan para cumplir con los estándares de acreditación. Dichos estándares están relacionados con la responsabilidad y confianza pública, la misión, planificación y evaluación, el liderato y estructura administrativa, la administración de colecciones, educación e interpretación, estabilidad financiera, facilidades y manejo de riesgos. En 2012, se recibe la visita de la agencia acreditadora. El informe final hace constar que a la Universidad se le concedería un año para decidir la acción que tomaría con respecto al edificio. El 2 de agosto de 2013, tras numerosas peticiones –primero a la Junta de Síndicos y luego a la Junta de Gobierno– la Junta de Gobierno de la Universidad de Puerto Rico aprobó la Certificación Número 3 (2013-2014), en la que se acordó enmendar el Programa de Mejoras Permanentes, Certificación Núm. 115 (2010-2011), para incorporar y autorizar el proyecto de mejoras al Museo. Para la implementación del proyecto, la Rectora del Recinto de Río Piedras, Dra. Ethel Ríos Orlandi, estipuló financiar la mitad del costo del proyecto con fondos institucionales. El resto sería cubierto con fondos de la Administración Central y con fondos de indemnización del seguro del Recinto de Río Piedras. El MHAA fue acreditado el 31 de octubre de 2013 y se convierte en el tercer museo en la Isla, y el primer museo universitario, en obtener dicha acreditación. Los trabajos de reconstrucción comenzaron en agosto de 2018.
Desde su fundación, el Museo de Historia, Antropología y Arte del Recinto de Río Piedras ha contribuido al desarrollo de nuestra cultura mediante un programa educativo, no solo para la comunidad universitaria sino para todos los puertorriqueños, que incluye exhibiciones, talleres, conferencias, visitas guiadas y acceso a las colecciones. Ha sentado precedentes importantes en la historia de los museos en Puerto Rico, y ha sido ejemplo para los que fueron inaugurados posteriormente. Además, ha sido reconocido en varias ocasiones por sus exhibiciones y catálogos, con premios otorgados por la Asociación Internacional de Críticos de Arte, capítulo de Puerto Rico.
Cada una de las personas que ha dirigido el Museo ha realizado importantes gestiones para su desarrollo. Estos han sido: Rafael W. Ramírez, Ricardo Alegría (1947-1955), Osiris Delgado (1955-1975), Rafael Rivera García (Director Interino), Arturo V. Dávila (1976-1984), Carmen Ana Pons (1979-1980), Mari Carmen Ramírez (1984-1988), Annie Santiago de Curet (1988-1994), María Luisa Moreno (Directora Interina), Luis Hernández Cruz (1995-1999), Iván Méndez (Director Interino 1999-2000), Petra Barreras (2000-2001), Ginette Alomar (2001-2002), Flavia Marichal Lugo (2002 al presente).