
1914
La Universidad de Puerto Rico recibe su primera donación de obras de arte en 1914, cuando aún no se contemplaba la existencia de un museo. Don Federico Degetau, primer comisionado residente en Washington, cuya meta era establecer una pinacoteca en la Isla, dona un conjunto de pinturas que adquirió durante sus viajes por Europa. Inicialmente, fueron expuestas en el edificio donde hoy ubica el Senado Académico y posteriormente se exhibieron en paredes de salones de clase y oficinas administrativas de la Universidad durante muchos años.
El pintor Francisco Oller, consciente del valor didáctico de estas obras, vio en esta colección el “principio de un Museo” y se comprometió a dirigirlo sin sueldo. Un año más tarde, su pintura El velorio (1893), que había estado expuesta en a Biblioteca Insular en el Viejo San Juan, es trasladada a la Universidad de Puerto Rico para su custodia. Desde entonces, ha estado en exposición permanente y es considerada la pieza paradigmática del MHAA.

1920-1930
La idea de crear un museo para albergar las obras donadas a la Universidad se propuso en el plano de desarrollo institucional presentado por la firma de arquitectos Bennet, Parsons y Frost, en 1924. En torno al patio central, se propuso una biblioteca, un museo y un paraninfo (teatro). Sin embargo, el proyecto no fue realizado, postergado por otras prioridades.

1926
En el 1926, don Rafael W. Ramírez de Arellano se integra como docente en la Universidad, y comienza a coleccionar objetos históricos y arqueológicos, mapas, pinturas, grabados y periódicos para utilizarlos como complemento ilustrativo en sus cursos de Historia de Puerto Rico. El profesor Ramírez le interesaba despertar en los estudiantes “un amor legítimo por las cosas del pasado”. El pequeño museo, como le llamó Ramírez, estaba ubicado en el Aula 9 del Edificio Felipe Janer. A medida que las colecciones aumentaron, surge la idea de fundar un museo en propiedad. El profesor Ramírez consideraba que:
“la Universidad, como cumbre del sistema educativo de Puerto Rico, como Institución oficial del Estado, y como centro docente que tiene en su seno personas con la preparación académica necesaria para la difusión del saber humano, era el sitio ideal y lógico para el establecimiento de un museo.”
1929
A partir de 1929, y paralelamente con el museo del profesor Ramírez, el profesor y artista Walt Dehner comienza a gestionar y organizar exposiciones en la Universidad. Entre estas se encuentran: Primera Exposición de Arte e Historia Puertorriqueña/Puerto Rican Art and History (15 al 18 de noviembre de 1929); Segunda exposición de Historia y Arte Puertorriqueño (14 al 18 de enero de 1931) Tercera exposición de arte puertorriqueño (diciembre de 1933); y la Primera exposición independiente de arte puertorriqueño (1 al 21 de diciembre de 1936). Estas y otras exposiciones sentaron precedente y ayudaron a desarrollar interés en la necesidad de establecer un museo en el campus.


1935
Al pasar los años, se recibieron otras donaciones que incrementaron la colección iniciada por el profesor Ramírez. En 1935, la colección ubicada en el Aula 9 fue trasladada al sótano de lo que hoy es el edificio Antonio S. Pedreira en la Facultad de Humanidades. Es en este lugar donde se inaugura el Museo Juan Ponce de León, en 1939 y donde permanece hasta 1943.
1943-1947
Las colecciones son trasladas en 1943 al edificio de la Casa del Canciller. Un año después, las colecciones pasan al primer piso del Edificio de la Biblioteca de la Universidad.
En 1947 se reestructura la organización del Museo. El antropólogo Ricardo Alegría Gallardo es nombrado director auxiliar, y el Museo queda dividido en tres secciones: Antropología, a cargo de Alegría; Historia, a cargo del profesor Ramírez de Arellano; y Arte, a cargo del profesor Osiris Delgado Mercado y de Sebastián González García, Decano de la Facultad de Humanidades. Ese mismo año, Alegría organiza el Proyecto de Excavaciones Arqueológicas, el cual produjo numerosos hallazgos que enriquecieron las colecciones arqueológicas del pequeño museo del profesor Ramírez.

1948
La Junta Universitaria oficializa la creación del Centro de Investigaciones Arqueológicas -el cual sustituye las funciones del Proyecto de Excavaciones Arqueológicas- y lo adscribe al Museo, con el propósito de llevar a cabo excavaciones arqueológicas para investigar, coleccionar, estudiar y divulgar la cultura indígena de Puerto Rico.
Ese mismo año se comisiona al arquitecto Henry Klumb el diseño del futuro edificio del Museo. A partir de ese momento, Alegría inicia una campaña mediática para motivar a coleccionistas privados a donar obras y objetos, con el fin de enriquecer la colección inicial. Gracias a estos esfuerzos, se recibieron, sobre todo, objetos arqueológicos de las culturas indígenas antillanas.

1949
En 1949, Alegría inicia una nueva campaña, esta vez para levantar fondos económicos y la legislación necesaria para crear el Museo. Se publicaron numerosas piezas editoriales para lograr el objetivo y se prepara un proyecto de ley para ser presentado por el Representante Rubén Gaztambide ante la consideración de las Cámaras Legislativas. Paralelamente, el arquitecto Klumb presenta su Plan Maestro para la Universidad de Puerto Rico, ubicando el futuro edificio del Museo en un área accesible al público general, al noroeste del campus, en la entrada principal de la Avenida Ponce de León.
1950-1959
Gracias a incansables esfuerzos y gestiones por el doctor Alegría Gallardo, el 15 de abril de 1951, la Legislatura aprobó el Proyecto de Ley Núm. 97, destinado a convertir el Museo de la Universidad en museo nacional. La Ley establece que este Museo estará adscrito a la Universidad de Puerto Rico, con el propósito de “reunir, mantener y conservar con fines de divulgación cultural todo aquello que constituye parte de nuestro tesoro histórico, antropológico y artístico”. Así, el Museo se convierte en la primera institución de este tipo establecida por ley en Puerto Rico, sentando las bases para la construcción de un edificio propio en los predios de la Universidad.
1955
En el 1955 se inauguran las nuevas salas del Museo, localizado en el primer piso del edificio de la Biblioteca en el cuadrángulo, las cuales se organizan en tres secciones temáticas:
- Antropología: Sala de Arqueología Puertorriqueña, Sala de Excavaciones Arqueológicas
- Historia: Exposiciones de Caparra, Armas de la conquista, Colección Hostos, Cartografía Antillana, Armas usadas en Puerto Rico durante los siglos XVIII y XIX, Escenas puertorriqueñas, Puertorriqueños ilustres, Acontecimientos históricos, Prehistoria europea, Arqueología egipcia
- Arte: Dos siglos de Pintura Puertorriqueña, Sala de Arte Popular, Imaginería popular, Artesanías, Instrumentos de música popular, La fiesta de Santiago Apóstol en Loíza.

Osiris Delgado asume la dirección del Museo, pues Alegría es nombrado director del recién creado Instituto de Cultura Puertorriqueña.
En abril de 1957, también se inauguran dos nuevas salas permanentes de arte: una incluye pintura y escultura contemporánea y la otra dedicada al grabado.
Comienza la construcción de la Fase 1 del edificio diseñado por Klumb. Aunque el plan original del arquitecto incluye cinco fases, sólo se construye una cuarta parte.
La apertura oficial de las nuevas instalaciones se lleva a cabo el 4 de junio de 1959, con una exposición de pinturas de Francisco Oller.
1960-1989
Se presentaron exposiciones de prominentes artistas puertorriqueños e internacionales, además de exposiciones de contenido histórico y antropológico. En 1976, el doctor Arturo Dávila es nombrado director del Museo. Durante su incumbencia pudo adquirir valiosas obras de los artistas José Campeche y Francisco Oller. La doctora Mari Carmen Ramírez es nombrada directora del Museo en 1984. Bajo su dirección se organizaron exposiciones temáticas producto de investigaciones curatoriales, que hoy día son referencias fundamentales para el estudio crítico e histórico-artístico del arte puertorriqueño.
1990-1999
Ante el continuo crecimiento de sus colecciones y labores administrativas, el Museo se ve en la necesidad de ampliar su planta física. En 1990 se somete una propuesta a la Ford Foundation con el fin obtener los fondos necesarios para mejorar y ampliar los espacios, así como obtener un sistema de control de temperatura, un área de taller para el procesamiento de exposiciones y oficinas. La propuesta es aceptada en su totalidad y la firma de arquitectos Bermúdez y Calzada obtiene el cargo del diseño del proyecto. En junio de 1993 comienzan los trabajos de remodelación y ampliación del ala este del edificio. Una aportación adicional de la Universidad permitió la construcción de un módulo de dos pisos para ubicar las oficinas administrativas. El módulo, de la misma altura que la Sala de Exposiciones para mantener así la armonía del edificio, fue inaugurado en 1995.
Entre 1998 y 2000, se obtienen fondos externos para remodelar y ampliar el ala oeste, donde ubican las salas de exposiciones. Luego de un proceso de subastas y diseños iniciales, justo cuando comienzan los trabajos de remodelación, también comienzan los trabajos de excavación para la construcción de la estación Universidad del Tren Urbano, a cargo del Departamento de transportación y Obras Públicas de Puerto Rico. El impacto a la estructura, a tan solo 20 pies de distancia, provoca grietas en las paredes, pisos y columnas. El proyecto del Museo se detiene hasta que concluyan los trabajos de la estación del Tren. Con el pasar de los años, los costos iniciales de materiales y labor para la remodelación aumentan significativamente y se le da pausa definitiva al proyecto, teniendo la administración universitaria prioridad en otras necesidades presupuestarias.

2000-2025
El proceso para la acreditación del MHAA por la American Alliance of Museums (AAM) comienza en 2004. Este incluye un autoestudio institucional y el desarrollo e implementación de un plan para cumplir con los estándares de: confianza pública, misión institucional, planificación y evaluación, estructura administrativa, manejo de colecciones, educación, estabilidad financiera, planta física y manejo de riesgos.
En 2012, la agencia acreditadora realiza la visita de evaluación. El informe final otorga a la Universidad un año para decidir qué acción tomar respecto al ala oeste del edificio, que sigue cerrada. El 2 de agosto de 2013, tras numerosas peticiones –primero a la Junta de Síndicos y luego a la Junta de Gobierno– la Junta de Gobierno de la Universidad de Puerto Rico aprueba la Certificación Número 3 (2013-2014), enmendando el Programa de Mejoras Permanentes, Certificación Núm. 115 (2010-2011), para incluir y autorizar el proyecto de mejoras al Museo. La Rectora del Recinto de Río Piedras, Dra. Ethel Ríos Orlandi, estipula financiar la mitad del costo del proyecto con fondos institucionales; el resto sería cubierto con fondos de la Administración Central y con fondos de indemnización del seguro del Recinto. El MHAA es acreditado por la AAM el 31 de octubre de 2013, convirtiéndose en el tercer museo con esta prestigiosa acreditación en la Isla, y el primero entre los museos universitarios.
En 2018, luego del paso del Huracán María, la Administración Central lleva a cabo la subasta para el proyecto de renovación del ala oeste del Museo. La compañía seleccionada debería completar el proyecto en febrero de 2019, pero en 2020, la Administración Central de la UPR cancela el contrato por incumplimiento.

El proceso para la re-acreditación por parte de la American Alliance of Museums comienza en 2022. En abril de 2023, visitan los evaluadores de acreditación, quienes se reúnen con la Dra. Angélica Varela Llavona, rectora del Recinto de Río Piedras, y con el Dr. Luis A. Ferrao, presidente de la UPR. Luego de lograr las exigencias sometidas por los evaluadores y tras un proceso complejo y exhaustivo, el Museo obtiene, en noviembre de 2024, la renovación de la acreditación otorgada por la American Alliance of Museums (AAM). Este logro es fruto del arduo esfuerzo del equipo del Museo, así como del personal del Recinto de Río Piedras y de la Administración Central de la UPR. Esta acreditación de la AAM reconoce la excelencia profesional, el compromiso educativo y la preservación del patrimonio histórico, artístico y antropológico que distinguen tanto al MHAA como al recinto universitario.
Actualmente, el arquitecto Manuel Bermúdez nuevamente ha sido designado para revisar los planos y comenzar con el proyecto nuevamente.
Reconocimiento y legado
Desde su fundación, el Museo de Historia, Antropología y Arte del Recinto de Río Piedras de la Universidad de Puerto Rico ha contribuido significativamente al desarrollo cultural del País mediante exposiciones, talleres, conferencias, conciertos, visitas guiadas y acceso a las colecciones, entre otros. El Museo ha marcado hitos importantes en la historia museológica del país, sirviendo de modelo para otros museos inaugurados posteriormente. Ha sido reconocido por sus exhibiciones y catálogos, premiados por la Asociación Internacional de Críticos de Arte, capítulo de Puerto Rico.
En la Sala de Exposiciones se han presentado prominentes artistas puertorriqueños e internacionales. Las exposiciones temáticas han abordado aspectos clave del quehacer cultural de la Isla. Muchas de estas incluyeron publicaciones impresas producto de investigaciones curatoriales, que hoy día son refer
Dirección del Museo
Cada una de las personas que ha dirigido el Museo ha realizado contribuciones importantes para su desarrollo:
- Rafael W. Ramírez (1929-1946)
- Ricardo Alegría (1947–1955)
- Osiris Delgado (1955–1975)
- Rafael Rivera García (director interino)
- Arturo V. Dávila (1976–1979)
- Carmen Ana Pons (1979–1980)
- Arturo V. Dávila (1980–1984)
- Mari Carmen Ramírez (1984–1988)
- Annie Santiago de Curet (1988–1994)
- María Luisa Moreno (directora interina)
- Luis Hernández Cruz (1995–1999)
- Iván Méndez (director interino, 1999–2000)
- Petra Barreras (2000–2001)
- Ginette Alomar (directora interina, 2001–2002)
- Flavia Marichal Lugo (2002 hasta el presente)